С 2004 года судно находится в оперативном управлении МГУ им. адм. Г.И. Невельского. По инициативе Морского университета и при содействии Росморречфлота, ОАО «Совкомфлот» и Русского географического общества УПС «Профессор Хлюстин» в 2012–2013 прошел восстановительный ремонт и переоборудование во Владивостоке и на верфи Шанхая.
После завершения ремонта УПС «Профессор Хлюстин» станет базой не только для прохождения плавательной практики курсантов Морского университета, но и для исследовательской, образовательной и производственной деятельности на Дальнем Востоке и в Арктическом регионе.
Судно нацелено на подготовку специалистов для работы в дальневосточных и арктических морях, выполнение грузовых перевозок в интересах территорий Восточного и Северо-Восточного побережья страны, проведение исследований по изучению шельфовых зон Дальнего Востока и Арктики, а также предназначено для прохождения учебно-производственной практики одновременно 100 курсантов под руководством преподавателей.
В новом качестве на УПС «Профессор Хлюстин» будут вести совместную научно-исследовательскую работу ученые университета и Русского географического общества, в том числе с использованием подводных аппаратов различного назначения для исследования Мирового океана.
Сегодня МГУ им. адм. Г.И. Невельского является единственным учебным заведением морской отрасли России, у которого имеется свой учебный флот – парусное учебное судно «Надежда» и учебно-производственное судно «Профессор Хлюстин».